Como estrategia de decisión y coordinación, la Redprodepaz ha generado instancias de gobierno de carácter participativas, deliberativas, democráticas, simétricas y multilaterales:

La Asamblea General que convoca a los miembros en pleno de la Red y se reúne anualmente, actuando como máximo ente decisorio, organismo de control y veeduría para la rendición de cuentas, y de orientación político-estratégica.

El Comité Estratégico de la Redprodepaz el cual, aunque de carácter abierto a todos los miembros de la Red, reúne como mínimo a 6 de las Entidades Facilitadoras, 4 miembros de la Red Nacional de Pobladores, y 3 de las Entidades de Apoyo, reuniéndose con periodicidad mensual, y actuando como órgano de seguimiento y monitoreo frente al Mapa Estratégico y el Plan de Acción, aprobado por la Asamblea General.